Der Ursprung des Konflikts reicht in die koloniale Geschichte Ruandas zurück. Bei der Berliner Kongo-Konferenz 1884/85, bei der die europäischen Kolonialmächte ihre Einflusssphären in Afrika absteckten, wurde Ruanda dem Deutschen Kaiserreich zugesprochen. 1916 kam Ruanda unter belgische Kolonialherrschaft, bis das Land 1962 unabhängig wurde. In vorkolonialer Zeit waren Tutsi und Hutu keine verschiedenen Ethnien: Sie sprachen dieselbe Sprache und gehörten der gleichen Religion an. Mit den Begriffen Tutsi und Hutu wurden vielmehr soziale Gegensätze beschrieben: Tutsi waren wohlhabende Rinderzüchter und gehörten der aristokratischen Schicht an. Hutu lebten indes vom Ackerbau und waren oft von den Tutsi abhängig, weil sie für sie arbeiteten.

Die deutschen und belgischen Kolonialherren führten dieses Abhängigkeitsverhältnis weiter und festigten die Vorherrschaft der Tutsi-Minderheit. Sie beriefen sich dabei auf die Hamitentheorie, die besagt, dass die hamitische „Rasse“ der schwarzafrikanischen Bevölkerung überlegen sei. Der Begriff „Hamiten“ geht auf die biblische Gestalt Ham, ein Sohn Noahs, zurück. Forscher glaubten, die im Vergleich zu den Hutu hellhäutigeren Tutsi seien im 15. Jahrhundert aus Äthiopien nach Ruanda eingewandert und Nachfahren der Hamiten. Diese Rassentheorie hatte zur Folge, dass zwei Ethnien in Ruanda konstruiert wurden. Tutsi und Hutu hatten sich zuvor nur durch ihre Besitzverhältnisse unterschieden. 1935 setzte Belgien diese Differenzierung verwaltungstechnisch um: Tutsi sei, wer mehr als zehn Rinder besitze, wer nicht, sei Hutu. Diese Identifikationsmerkmale wurden nun auch in die Pässe der Ruander eingetragen.

Mit der Unabhängigkeit Ruandas kamen Hutu an die Macht. Nun rächten sie sich nach jahrzehntelanger Unterdrückung an den Tutsi: Massaker und Vertreibungen waren an der Tagesordnung. Viele Tutsi flohen ins Ausland. Im ugandischen Exil organisierten sie den Widerstand gegen die ruandische Regierung und bauten die Rebellenarmee Ruandische Patriotische Front (RPF) auf. 1990 rückte die RPF in Ruanda ein und eroberte weite Teile des Nordens. Der am 4. August geschlossene Friedensvertrag von Arusha besiegelte das Ende des Bürgerkriegs. Das Abkommen sah unter anderem eine Regierungsbeteiligung der RPF vor. Radikale Hutu sahen darin eine erneute Machtergreifung der Tutsi. Bereits mit dem Einfall der RPF schürten extremistische Hutu den Hass gegen die Tutsi-Minderheit. Am 6. April 1994 wurde Präsident Juvénal Habyarimana, der den Hutu angehörte, ermordet. Er saß zusammen mit Cyprien Ntaryamira, Präsident von Burundi, und dem Stabschef der ruandischen Armee in einem Flugzeug, das am Landeanflug auf den Flughafen der ruandischen Hauptstadt abgeschossen wurde. Habyarimana kam zurück von Verhandlungen mit der RPF. Bis heute ist unklar, wer hinter dem Attentat steckt. Der Abschuss der Präsidentenmaschine gilt als Auslöser des Völkermords.